1. Ulusal Projeler
    1. Karatay, S.E. Biyoyakıt Üretiminde Kullanılmak Üzere Nar Kabuklarının Enzimatik Hidrolizinin Optimizasyonu, Ankara Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri, Proje Yürütücüsü, 2019-2020
    2. Karatay, S.E., Demiray, E. Tarımsal Atıkların Biyoetanol Üretiminde Kullanım Olanaklarının Araştırılması, Ankara Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri, Proje No: 17L0430007, Proje Yürütücüsü, 2017-2019
    3. Karatay, S.E. “Mikrobiyel Biyodizel Üretiminde Elma ve Havuç Posalarının Kullanım Potansiyellerinin Araştırılması” TÜBİTAK 3001, Proje Yürütücüsü, 2017- 2018
    4. Kılıç, N.K. “Fenol ve Cr(VI)’nın Birlikte Gideriminde Mikroorganizma Kullanımı” Ankara Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri, Proje No :14H0430006, 2014-2015
    5. Karatay, S.E., “Dunaliella sp. Biyokütlesinin Biyoetanole Dönüşüm Veriminin Arttırılması” Ankara Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri, Proje No: 14H0430004, 2014-
    6. Kılıç, N.K. “Fenol Biyoremediasyonunda Karışık ve Saf Kültürlerin Kullanımı” Ankara Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri, Proje No : 13L4240011, 2014.
    7. Karatay, S.E., Erdoğan, M. “Dunaliella Cinsine Ait Türlerin Biyoetanol Üretiminde Hammadde Olarak Kullanım Kapasitelerinin Belirlenmesi” Ankara Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri, Proje No:13L4240013, 2014.
    8. Dönmez, G. ve Nazır, H. Pb(II) Seçici Mikrobiyal Sensör Yapımında Kullanmak Üzere Farklı Mikroorganizmaların Elektrokimyasal Özelliklerinin Karakterizasyonu ve Karşılaştırılması. TÜBİTAK 110Y022 numaralı proje, 2011.
    9. Dönmez, G., Karatay, S.E. “Maya ve fungus lipitlerinin soxhlet sistemi ile ekstraksiyonu” Ankara Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri, Proje No: 10H4240001,2011.
    10. Dönmez, G., Karatay, S.E. “Mikrobiyel hücrelerde biriktirilen yağlar ve enzimlerin biyodizel üretiminde kullanımları”, Ankara Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri, Proje No: 09B4240007, 2011.
  2. Uluslararası Projeler
    1. Savvides, S.N., Verstraete, K., Ertuğrul S. “Production of recombinant human Flt3 ligand for structural and biophysical studies”. Research Foundation Flanders (FWO Belgium), Proje No: 3G064307, Yardımcı Araştırmacı, 2006-2007 (12 ay).
    2. Desmet, T., Chaou, C., Karatay, S.E. “Engineering the acceptor spesificity of trehalose phosphorylase”. Special Research Council (BOF) of Ghent University, Proje No: 01W01908, Yardımcı Araştırmacı, 2011-2012 (6 ay).
    3. Desmet, T., Tran, G.H., Karatay, S.E.” Loop engineering of cellobiose phosphorylase from Clostridium thermocellum” Special Research Council (BOF) of Ghent University, Proje No: 01W01908, Yardımcı Araştırmacı, 2011-2012 (6 ay)